Product Articles

Metagenome sequencing

Life Science


เมตาจีโนมิกส์ เป็นวิธีการที่ใช้ในการศึกษาวิเคราะห์จีโนมของจุลินทรีย์ทั้งหมดที่มีในหนึ่งชุมชีพ (community) เช่น ในสิ่งแวดล้อม ดิน, น้ำ, อากาศ, ถังหมัก หรือในระบบลำไส้และกระเพาะอาหารของคนและสัตว์ วิธีการเริ่มตั้งแต่การสกัด DNA จากตัวอย่างในสิ่งแวดล้อม จากนั้นวิเคราะห์ DNA เหล่านั้นด้วยวิธีการ Next generation sequencing ที่เรียกว่า 16s/ITS Metagenome sequencing ซึ่งมุ่งเน้นการใช้ไพรเมอร์ที่จำเพาะกัน region ที่เหมาะสม เช่น V3-V4 (16S), ITS2 จำนวนข้อมูลที่ได้มากถึง 50,000 read หรือ 100,000 read ซึ่งเพียงพอสำหรับการนำมาวิเคราะห์ข้อมูลความหลากหลาย ไม่ว่าจะเป็น Global alignment, Taxonomic assignment, OTU counting และ comparative analysis

การหา diversity หรือความสัมสัมพันธ์ของจุลินทีย์จากตัวอย่างจากธรรมชาติ มาวิเคราะห์หาปริมาณประชากร โดยการจัดลำดับอนุกรมวิธานตั้งแต่ระดับ Phylum, Class, Order, Family, Genus และ Species

โดยสรุปวิธีเมตา จีโนมิกส์นับเป็นเครื่องมือที่สําคัญและจําเป็นที่ใช้ในการค้นหาสารชีวโมเลกุลใหม่ๆ และใช้วิเคราะห์ความ หลากหลายทางพันธุกรรมของจุลินทรีย์ในชุมชีพ การค้นพบยีนชนิดใหม่ ๆ ทําให้เราทราบถึงโครงสร้างและ หน้าที่ของจุลินทรีย์ภายในชุมชีพ ซึ่งอาจจะนําไปสู่การใช้แก้ปัญหาทั้งด้านการแพทย์ การเกษตร และ อุตสาหกรรมได้


16S Metagenome sequencing: Primer set V3-V4 เหมาะกับงานวิจัยที่จะศึกษาประชากรของ bacteria

ITS Metagenome sequencing: Primer set ITS2 เหมาะกับงานวิจัยที่จะศึกษาประชากรของ fungi

 แสดงตัวอย่างผลการวิเคราะห์ด้วย 16S Metagenomic sequencing 

1. ตัวอย่างการแสดง phylogenetic tree จากผลการทำ 16S Metagenomice sequencing 

*ref: Author: Juan Jovel, Jordan Patterson and Gane K.-S. Wong; Front microbio. 2016:7-459

2. แสดงข้อตัวอย่างที่ได้การวิเคราะห์ species level โดยการใช้ข้อมูลจาก 16S Metagenomic sequencing 

สนใจข้อมูลหรือบริการเพิ่มเติม ติดต่อได้ที่
http://foreign.macrogen.co.kr/eng/business/ngs_service_appli3.html หรือติดต่อแผนก Technical support
e-mail: macrogenpm@gibthai.com หรือฝ่ายงาน Life Science product โทร 022748331


X