Product Articles

Capillary DNA sequencing (Sanger Sequencing)

Life Science


บริการหาลำดับเบสของดีเอ็นเอด้วยวิธี Capillary DNA sequencing (Sanger Sequencing)

เทคนิคนี้อาศัยการใช้ dideoxynucleotide triphosphates (ddNTPs) เป็นตัวหยุดการสังเคราะห์ สายดีเอ็นเอ โดยแบ่งปฏิกิริยาการสังเคราะห์ดีเอ็นเอ เป็นสี่หลอดในแต่ละปฏิกิริยาจะมีไพรเมอร์ซึ่งจะเข้าจับ กับดีเอ็นเอต้นแบบ และเอนไซม์ดีเอ็นเอพอริเมอเรส (DNA polymerase) ทำหน้าที่สังเคราะห์สายดีเอ็นเอ โดยใช้ deoxynucleotide triphosphates (dNTP) ที่ เติมลงในปฏิกิริยาเพื่อสังเคราะห์สายดีเอ็นเอ ในแต่ละหลอดของปฏิกิริยาการสังเคราะห์ดีเอ็นเอจะใส่ ddNTP คนละชนิด (ddATP, ddCTP, ddGTP หรือ ddTTP) ปฏิกิริยาการสังเคราะห์ดีเอ็นเอจะหยุดเมื่อมี ddNTP เข้ามาจับ ทำให้แต่ละปฏิกิริยาจะมีชิ้นดีเอ็นเอ หลากหลายขนาดรวมกันอยู่ ผลผลิตของทั้งสี่ปฏิกิริยา ปัจจุบันมีการใช้ สีย้อมฟูลออเรสเซนส์ (fluorescence dye) แทน การใช้สารกัมมันตรังสีในวิธีออโตเรดิโอกราฟ และรวม ปฏิกิริยาทั้งสี่ทำในหลอดเดียวกัน  นอกจากนี้มีการใช้ อิเลคโตรโฟลิซิสแบบแคปิลลารี (capillary electrophoresis) แสดงแถบดีเอ็นเอ วิธีแซงเกอร์สามารถวิเคราะห์ลำดับเบส ได้ในช่วงประมาณ 500 ถึง 1000 คู่เบส


รูปที่ 1: แสดงขั้นตอนการทำงานของ Sanger sequencing (ref: "Sanger sequencing," by Estevezj (CC BY-SA 3.0).

การศึกษาลำดับนิวคลีโอไทด์ด้วยเทคนิค Sanger sequencing ได้รับความนิยมมาถึงในปัจจุบัน เนื่องจากเป็นเทคนิคที่มีค่าใช้จ่ายไม่สูง สามารถหาลำดับเบสของดีเอ็นเอได้จากต้นแบบ PCR product หรือ plasmid DNA ซึ่งสามารถเลือกหาลำดับเบสและประยุกต์ใช้ตาม applications เช่น

  • Standard Sequencing: เหมาะสำหรับตัวอย่างทั่วๆไปที่มาจาก PCR product หรือ plasmid DNA
  • Difficult DNA template Sequencing: เหมาะสำหรับตัวอย่างดีเอ็นเอที่มีโครงสร้างซับซ้อน เช่น GC rich, AT rich หรือ repeated region
  • 16S/ITS sequencing: เหมาะสำหรับการวิเคราะห์หาเชื้อจุลินทรีย์ เช่น ยีสต์ รา แบคทีเรีย
  • Fragment analysis (GeneScan): เหมาะสำหรับการดูแพทเทิร์นของ DNA สำหรับขนาด fingerprint หรือดู DNA profile
  • Customized Sequencing อื่นๆ เช่น หา SNPs, Primer walking, Human mtDNA Full Length Sequencing


PCR service: เป็นบริการเพิ่มจำนวน DNA target เหมาะกับนักวิจัยที่มีงบประมาณจำกัดในการทำ PCR เพียงท่านมี DNA template, Primer, PCR temperature condition และ expect size ของ PCR product ให้เราทราบ แค่นี้ท่านก็ได้ PCR product ที่ต้องการ เพื่อนำไปทำการ purify และ Sequencing ได้แล้ว


รูปที่ 2 PCR temperature condition

Purification: เมื่อได้ PCR product หรือนักวิจัยส่งตัวอย่างเป็น PCR product จะสามารถแจ้งให้ทางบริษัททำการ purify ได้ 2 รูปแบบ คือ

  • PCR purification: เหมาะกับ product ที่มี single band ไม่มี smear หรือ non-specific
  • Gel purification: เหมาะกับ product ที่มีมากกว่า 1 band โดยจะต้องระบุระขนาดที่ต้องการ เพื่อให้ได้ขนาดที่ถูกต้อง


รูปที่ 3 Sanger sequencing workflow

สามารถสอบถามข้อมูลบริการเพิ่มเติมได้ที่
ฝ่ายขายแผนก lifeScience Division 02-2748331 หรือ macrogenpm@gibthai.com


X