Product Articles

Life Science

Collibri DNA library preparation kit for Illumina system

Collibri DNA library preparation เป็นชุด kit สำหรับเตรียม library prep ซึ่งเหมาะสมกับการทำ Whole genome sequencing (WGS) ซึ่งเป็น application หนึ่งของการทำ Next generation sequencing (NGS) นอกจาก Collibri จะเป็น library prep ที่มีความโดดเด่นในการเปลี่ยนสีในแต่ละขั้นตอนที่มีการเตรียมตัวอย่าง ทำให้นักวิจัยง่ายต่อการสังเกต และลด human error แล้ว สามารถเลือกใช้ชุด library ได้ตามความต้องการ ได้แก่

  1. DNA sheering: สามารถเลือกใช้ Physical sheering (PS) หรือ enzymatic sheering (ES)
  2. PCR amplification: สามารถเลือกใช้ library prep ที่มีการทำ PCR หรือ ไม่ทำ PCR amplification ได้

รูปที่ 1 การเลือกใช้ Collibri DNA library prep kit แบบ PCR free และ PCR amplification

  • Collibri™ PCR-free Prep Kits ในกรณีที่ DNA concentration 100–1,000 ng ซึ่งจะช่วยลดระยะเวลาการทำงาน

รูปที่ 2 เปรียบเทียบระเวลาการทำงานของ Collibri™ PCR-free Prep Kits กับ Library prep kit อื่นๆ

  • ollibri™ DNA Library Prep Kits เหมาะกับ DNA concentration 1-1,000 ng สามารถเตรียม library และตรวจสอบ SNP/Indel ได้แม้มี DNA เพียง 1 ng

รูปที่ 3 เปรียบเทียบ Collibri™ DNA Library Prep Kits กับ Library prep kit อื่นๆ ในการตรวจสอบ SNP และ Indel จาก DNA 1 ng

  1. Several index adapters: นักวิจัยสามารถเลือกใช้ index ได้ทั้งแบบ Combinatorial Dual Indexes (CDIs) ที่มี index ในส่วน 5’ แตกต่างกัน และ 3’ index ที่เหมือนกัน หรือ Unique Dual Indexes (UDIs) มี index ในส่วน 5’ และ 3’ index ที่แตกต่างกัน

รูปที่ 4 Index adaptor แบบ Combinatorial Dual Indexes (CDIs) และ Unique Dual Indexes (UDIs)

โดย UDIs นั้นถูกออกแบบมาเพื่อป้องกันการเกิด index hopping เนื่องจาก การใช้ CDI นั้นมีตำแหน่งของ 3’index มีการซ้ำกันระหว่าง samples ดังนั้นในขั้นตอนการทำ sequencing มีโอกาสที่จะเกิดการ switch ของ index ระหว่าง samples ประมาณ 1% และส่งผลต่อความถูกต้องของ sequence ในแต่ละ sample ขณะที่ UDIs มีโอกาสที่จะเกิดการ switch ของ index ระหว่าง samples เพียง 0.01% เท่านั้น

รูปที่ 5 การเกิด Index hopping

  1. Several size: สามารถเลือกซื้อชุด library preparation kit ได้ตามความเหมาะสมของจำนวนตัวอย่าง ซึ่งมีทั้ง 24 prep/kit และ 96 prep/kit

รูปที่ 6 Collibri DNA library prep kit ขนาด 24 prep และ 96 prep

จากข้อมูลต่างๆ ของ Collibri DNA library prep kit ในเบื้องต้น จะเห็นได้ว่าผลิตภัณฑ์ดังกล่าวมีความหลากหลายที่สามารถตอบโจทย์การใช้งานของนักวิจัยนักวิจัยได้ค่อนข้างครบถ้วน

รูปที่ 7 สรุปภาพรวมและทางเลือกสำหรับ Collibri™ DNA Library Prep Kits

 

สนใจดูข้อมูลเพิ่มเติมได้

http://www.thermofisher.com/collibri หรือติดต่อแผนก Technical support e-mail: TAS@3nholding.com หรือฝ่ายงาน Life Science product โทร 022748331

order information


X