Product Articles

Life Science

Oligos synthesis

บริการสังเคราะห์ Oligos (Oligos synthesis)

   

           การสังเคราะห์ Oligos เป็นบริการสังเคราะห์ single strand DNA (ssDNA) ซึ่งใช้เป็น DNA เริ่มต้นในการจับกับ DNA ต้นแบบที่ใช้ในการเพิ่มจำนวนสารพันธุกรรม หรือตรวจสอบสารพันธุกรรมภายใต้สภาวะที่ต้องการ ซึ่งมีประโยชน์ในการศึกษาด้านต่าง ๆ ใน biology fields และ medical fields เช่น DNA sequencing, PCR, SNP study, Next Generation Sequencing (NGS), Real-time PCR (qPCR), Biochip และ ตรวจสอบ siRNA expression เป็นต้น โดยทางบริษัทมีบริการสังเคราะห์ oligonucleotides ซึ่ง oligonucleotides ที่ผ่านการสังเคราะห์จะผ่านการตรวจสอบ และการันตีคุณภาพจากบริษัท Macrogen ประเทศเกาหลีใต้

1. บริการสังเคราะห์ Standard Oligos หรือ Primer

         การทำวิจัยในปัจจุบันมีความก้าวหน้าอย่างมาก โดยในการศึกษาในด้าน molecular นักวิทยาศาสตร์สามารถออกแบบ และสั่งสังเคราะห์ไพรเมอร์ที่มีความจำเพาะในการจับกับ DNA target ของยีนหรือส่วนของ DNA ที่สนใจได้ โดยทั่วไปแล้วการสังเคราะห์ไพรเมอร์จะใช้ในการทำ Polymerase Chain Reaction (PCR) เพื่อเพิ่มจำนวนยีนที่สนใจ และใช้ในการทำ DNA sequencing โดยการสังเคราะห์นั้น สะดวก รวดเร็ว และตรงตามความต้องการ นอกจากนี้ยังสามารถเลือกวิธีในการ purified oligos ได้ ซึ่งการ purified มี 4 แบบ คือ Desalt purified สำหรับ scale 25 nmole MOPC purified (Macrogen Oligonucleotide Purification Cartridge) สำหรับ scale 50, 200 และ 1,000 nmole ซึ่งความบริสุทธิ์เทียบเท่ากับการ purified แบบ PAGE และ HPLC นอกจากนี้นักวิจัยยังสามารถการ purified แบบ PAGE (Polyacrylamide gel electrophoresis) หรือ HPLC (High performance liquid chromatography) สำหรับการสังเคราะห์ oligos scale 50 nmole ขึ้นไป

               นอกจากการสังเคราะห์ oligos ได้ย่างถูกต้องแล้ว ทาง Macrogen ยังมีการการันตีคุณภาพของ oligo ด้วยค่า OD ดังแสดงในตารางที่ 1 โดยคุณภาพของ oligo จะถูกวิเคราะห์ด้วยเครื่อง MALDI-TOF mass spectrometry (รูปที่ 1)

Guaranteed Yield (OD)

Synthesis Scale

0.025 umole

0.05 umole

0.2 umole

1 umole

Desalt

3

-

-

-

MOPC

-

6

8

20

PAGE

-

2

4

8

HPLC

-

2

4

8

ตารางที่ 1 การรับประกันคุณภาพสำหรับ Standard Oligo หรือ ไพรเมอร์

รูปที่ 1 ตัวอย่างผลการวิเคราะห์ oligo ด้วยเครื่อง MALDI-TOF mass spectrometry

2. บริการสังเคราะห์ Modified Oligos หรือ Probe

            การสังเคราะห์ Modified Oligos หรือ Probe นักวิจัยสามารถสั่งสังเคราะห์ probe ตามต้องการได้ โดยสามารถเลือกใช้ reporter และ quencher ซึ่งมีทั้ง Fluorescent dyes , Non-fluorescent, Dark quenchers และ Internal modification บนปลาย 5´ หรือ 3´เพียงด้านใดด้านหนึ่ง (ตารางที่ 2) หรือ ออกแบบ Dual labeled Probe โดยการติด Fluorescent dye และ/หรือ Non-fluorescent (ตารางที่ 3) เพื่อใช้ในการทำ Real-time PCR (qPCR) หรือ การติด fluorescent dye ที่ปลาย 5´ และ minor groove binder (MGB) probe ที่ปลาย 3´ โดย MGB probe จะได้รับความสนใจสำหรับนักวิจัยที่ศึกษา SNP detection และ allelic discrimination เนื่องจาก MGB probe จะมีความเสถียรสูงในการจับกับ single-stranded DNA targets อีกทั้งยังมีความ sensitive ต่อ single base mismatches และสามารถใช้ได้กับ probe ที่มีขนาดสั้น ๆ (ตารางที่ 4) นอกจากนี้ยังสามารถเลือกวิธีการ purify ได้เช่นเดียวกัน ไม่ว่าจะเป็น MOPC, PAGE หรือ HPLC ซึ่งจะมีการรับประกันค่า OD จาก MALDI-TOF mass spectrometry ดังแสดงในตารางที่ 5

ตารางที่ 2 Reporter

Fluorescent dyes

- FAM, HEX, TET, JOE, TAMRA, CY3, CY5, CY3.5, CY5.5

- CAL Fluor560, CAL Flour610

- ATTO565 NHS-ester, ROX NHS-ester, TexasRed NHS-ester

- Yakima Yellow

Non-fluorescent modifications

- Phosphorylatioin, Biotin, NH2C6, NH2C12, C3 Spacer, dSpacer

- Thiol C6 S-S

- Biotin-TEG

Dark quenchers

- Black Hole Quencher (BHQ1, BHQ2, BHQ3)

- Blackberry Quencher (BBQ650)

- Dabcyl and Eclipes quencher

Internal modification

- DeoxyInosine (dI)

- DeoxyUridine(dU)

- Phosphorothioate (PS bond)

ตารางที่ 3 Dual-labeled DNA Probes

5' Fluorophore

3' Quencher

FAM

TAMRA, BHQ1, Dabcyl

HEX

TAMRA, BHQ1, BHQ2, Dabcyl

TET

TAMRA, BHQ1, BHQ2, Dabcyl

JOE

TAMRA, BHQ1, BHQ2, Dabcyl

CY3

BHQ1, BHQ2, BHQ3

CY3.5

BHQ2

CY5

BHQ2, BHQ3

CY5.5

BHQ2, BHQ3, BBQ650

TAMRA

BHQ1, BHQ2, Dabcyl

CAL Fluor560

BHQ1

CAL Fluor610

BHQ2, Dabcyl

ATTO565 NHS-ester

BHQ1, BHQ2, BBQ650

ROX NHS-ester

TAMRA, BHQ2, BBQ650

TexasRed NHS-ester

BHQ1, BHQ2, BBQ650

Yakima Yellow

BHQ1, BHQ2, Dabcyl

ตารางที่ 4 Dual-labeled DNA Probes ที่มีการติด MGB Quencher

5' Fluorophore

3' Quencher

FAM

MGBEclipse

HEX

MGBEclipse

TET

MGBEclipse

Yakima Yellow

MGBEclipse

ตารางที่ 5 การรับประกันคุณภาพสำหรับ Modified Oligos หรือ Probe

Guaranteed Yield (OD)

Synthesis Scale (25mer)

0.025 umole

0.05 umole

0.2 umole

1 umole

MOPC

-

-

5

10

PAGE

-

2

4

8

HPLC

-

2

4

8

สำหรับข้อมูลของการให้บริการสั่งสังเคราะห์ Oligos สามารถติดต่อขอข้อมูลได้ที่อีเมล์ macrogenpm@gibthai.com หรือสามารถสั่งสังเคราะห์ Oligos ได้ที่ https://www.gibthai.com/order/oligo


X