Product Articles

Life Science

การตรวจสอบปริมาณ Library prepped ด้วยเทคนิค Real-time PCR (qPCR) ด้วย Collibri™ Library Quantification Kit

           ในกระบวนการศึกษา Next Generation Sequencing (NGS) แต่ละ application ไม่ว่าจะเป็น Whole Genome Sequencing (WGS), Transcriptome sequencing (RNA-seq), Exome sequencing และ Metagenome sequencing จะต้องมี work flow ในการเตรียมตัวอย่างด้วยการสกัดสารพันธุกรรม (DNA/RNA), ตรวจสอบคุณภาพและปริมาณสารพันธุกรรม (Sample QC), เตรียม Library, ตรวจสอบคุณภาพและปริมาณสารพันธุกรรมจากการเตรียม Library (Library QC), Sequencing และ Bioinformatics analysis

รูปที่ 1 NGS workflow

          ซึ่งหัวใจสำคัญในการทำ NGS คือการเลือกใช้และเตรียม library preparation ด้วยชุด Library preparation kit ที่เหมาะสม ซึ่งปัจจุบัน Illumina platform ได้รับความนิยมเป็นอย่างมากในกลุ่มนักวิจัยที่ศึกษาลำดับนิวคลีโอไทด์ไม่ว่าจะเป็น DNA หรือ RNA ด้วยเทคนิค NGS โดยทาง Invitrogen ได้มีการผลิต Library prep ออกมาเพื่อตอบโจทย์นักวิจัยที่ใช้ Illumina platform ภายใต้ product line ที่ชื่อ Collibri ซึ่งมีทั้ง Library preparation kit ที่สามารถตอบโจทย์การทำ Whole genome sequencing และ Transcriptome sequencing ตลอดจนชุดตรวจสอบปริมาณ library ที่ถูกเตรียมขึ้นมาโดยใช้ชื่อว่า Collibri™ Library Quantification Kit

          หลังจากมีการเตรียม Library preparation เป็นที่เรียบร้อยแล้ว ขั้นตอนที่จะละเลยไม่ได้คือการตรวจสอบคุณภาพและปริมาณของ Library ที่เตรียมออกมา โดยทั่วไปมักมีการวัดปริมาณสารพันธุกรรมด้วยเครื่องมือที่ใช้หลักการเดียวกับ Electroporator หรือ Fluorometer ซึ่งจะทราบเพียงปริมาณ DNA ผ่านหลักการการดูดกลืนแสงเท่านั้น แต่จะไม่ทราบปริมาณที่แน่นอนของ library ตลอดจนขนาด fragment ของ library prepped ได้ ในขณะที่ Collibri™ Library Quantification Kit ออกแบบมาเพื่อการปริมาณของ library preparation โดยเฉพาะ จากการวิเคราะห์ melt curve สามารถใช้ในการบ่งบอก adapter-dimers ที่หลงเหลืออยู่จากการเตรียม library นอกจากนี้ยังสามารถวิเคราะห์ขนาด fragment และปริมาณ library prepped โดยการใช้หลักการทำ Real-time PCR (qPCR) ที่ทางทีมนักวิจัยด้านชีวโมเลกุลมีความคุ้นเคยเป็นอย่างดี และใช้ได้กับ qPCR instrument ทุก platform

          โดยชุด Invitrogen Collibri Library Quantification เป็นแบบ ready-to-use ที่มี Master Mix รวมถึง Platinum II Taq Hot Start DNA Polymerase ช่วยให้สามารถระบุปริมาณ NGS libraries ได้อย่างสะดวกและแม่นยำ ใน kit ประกอบด้วย master mix ที่จำเป็นต่อ amplification reaction, primers และ passive reference dye ซึ่งนักวิจัยไม่ต้องเตรียม reagents อื่นๆ เพิ่มเติม นอกจากนี้ ยังประกอบด้วย ready-to-use library dilution buffer ซึ่งมีส่วนประกอบของ stabilizing ที่สามารถรักษาความสมบูรณ์ของ library หลังจากทำการ dilution ได้อีกด้วย ทำให้การใช้งานสามารถทำได้อย่างสะดวกและรวดเร็วดัง Collibri™ Library Quantification workflow (รูปที่ 2)

รูปที่ 2 Collibri™ Library Quantification workflow

จุดเด่นของผลิตภัณฑ์ Collibri Library Quantification Kit:

• Accurate quantification: มีความแม่นยำในการตรวจสอบ libraries ในเชิงปริมาณ จากตัวอย่างชนิดต่างๆ ได้อย่างหลากหลาย รวมถึงตัวอย่างที่ degraded

• Ease of use: มีความสะดวกในการใช้งาน เนื่องจากชุด kit ออกแบบมามาเพื่อให้เป็น ready to use ทำให้ไม่ต้องเตรียม reagents อื่นๆ เพิ่ม

• Visual cues: มี formulated dyes ชนิดพิเศษ ทำให้มีการเปลี่ยนสีตาม pipetting steps (รูปที่ 3) ทำให้ง่ายต่อการสังเกต และตรวจสอบขั้นตอนการเตรียม reaction

รูปที่ 3 Collibri Library Quantification Kit มี tracking pipet steps ระหว่างเตรียม reaction

• Platinum hot-start technology: ที่มีทั้ง 5' to 3' polymerase และ 5' to 3' exonuclease activities ทำให้มี superior specificity, sensitivity สามารถเตรียม reaction ที่อุณหภูมิห้องได้

• One cycling protocol: สามารถใช้ protocol เดียวในการตรวจสอบ library ได้ แม้ว่า libraries prepped จะมีความยาว รวมถึง GC-content ที่แตกต่างกัน

• Universal passive reference dye concentration: เป็น single master mix สำหรับ qPCR instruments ทุก platform

ข้อมูลเพิ่มเติม: https://www.thermofisher.com/order/catalog/product/A38524500#/A38524500

หรือติดต่อแผนก Technical support e-mail: TAS@3nholding.com หรือฝ่ายงาน Life Science product โทร 022748331

บทความโดย: ชุตินธร ช่วยวงศ์

ตำแหน่ง:Senior Technical Application Specialist for NGS and GeneArt Products


X