ส่วนใหญ่ในบัฟเฟอร์ที่เติมลงไปใน Reaction ที่ทำ PCR นั้นจะมีองค์ประกอบของแมกนีเซียมอยู่แล้วประมาณ 1.5 mM ถ้าต้องการปรับหาสภาวะที่เหมาะสมควรเติมแมกนีเซียมลงไปทีละ 0.5 mM โดยเริ่มต้นจาก 1 mM ถึง 3 mM

แมกนีเซียมมีผลต่อการทำงานของเอนไซม์ DNA polymerase ซึ่งช่วยปริมาณผลิตภัณฑ์ PCR ที่ได้ และช่วยให้เกิดการจับกันของ primer กับ ดีเอ็นเอต้นแบบอย่างจำเพาะได้ ซึ่งจะทำให้ได้ PCR product ที่ความจำเพาะขึ้น

เนื่องจากเอนไซม์ Taq DNA polymerase ไม่มี 3’-5’ exonuclease (proof reading activity) ดังนั้น ถ้าเลือกใช้ proof reading enzyme จะช่วยทำให้มีความถูกต้องแม่นยำในสายดีเอ็นเอเส้นใหม่ที่สังเคราะห์ใหม่มากกว่าการใช้เอนไซม์ Taq DNA polymerase นอกจากการใช้ proof reading enzyme แล้วนั้น การลดความเข้มข้นของ dNTP จาก 200 uM ให้เหลือประมาณ 25-50 uM ก็สามารถช่วยให้เพิ่มความถูกต้องแม่นยำขึ้นได้

primer ที่ถูกส่ง มาในรูปแบบ lyophilized primer สามารถเก็บไว้ที่ -20 องศาเซลเซียส ประมาณ 1 ปี แต่เมื่อทำการละลาย primer ขึ้นมาใช้ด้วย TE buffer แล้ว primer นั้นสามารถเก็บไว้ใช้ได้ ประมาณ 6 เดือน ที่อุณหภูมิ -20 องศาเซลเซียส หรืออุณหภูมิ 4 องศาเซลเซียส ถ้าละลาย primer ด้วย เติมน้ำกลั่นนั้น สามารถเก็บไว้ที่ อุณหภูมิ-20 องศาเซลเซียส หรืออุณหภูมิ 4 องศาเซลเซียส ได้น้อยกว่า 6 เดือน ดังนั้นการเก็บ primer ให้ใช้งานได้นานนั้นควรเก็บใน TE buffer เพราะ ค่า pH ของน้ำนั้นเปลี่ยนแปลงเป็นกรดได้ง่ายซึ่งค่า pH ดังกล่าวจะสามารถ hydrolyse primer ทำให้ primer ที่ละลายด้วยน้ำกลั่นเก็บไว้ใช้งานได้ไม่นาน

การสังเคราะห์ primer นั้นระดับของความเข้มข้นที่สั่งซื้อจะเป็นระดับความเข้มข้นที่เริ่มต้นใช้ในการสังเคราะห์ ไม่ใช่ระดับความเข้มข้นของ primer ที่ผ่านการสังเคราะห์แล้ว เช่นเมื่อสั่งซื้อ primer จากบริษัทใดก็ตามที่ระดับความเข้มข้น 50 nmole เริ่มต้นนั้นจะใช้ความเข้มข้นที่ 50 nmole สังเคราะห์ จากนั้นความเข้มข้นของ primer ที่สังเคราะห์เสร็จแล้วจะน้อยกว่าความเข้มข้นเริ่มต้น ทั้งนี้ความเข้มข้นที่น้อยลง เกิดจากปัจจัยหลายอย่างเช่น ในระหว่างขบวนการสังเคราะห์ primer มีขั้นตอนที่ทำให้ความเข้มข้นหายไป หรือ ความยาวของ primer ที่ต้องการสังเคราะห์ หรือลำดับเบสของ primer หรือองค์ประกอบของ GC ในลำดับเบส หรือการทำให้ primer บริสุทธิ์ขึ้นด้วยเทคนิค purification ล้วนเป็นปัจจัยที่ทำให้ความเข้มข้นของ primer ที่สังเคราะห์ได้นั้นลดลง

Platinum Taq DNA polymerase เป็น automatic hot-start enzyme ซึ่งเป็นเอนไซม์ที่ออกแบบmonoclonal Antibody ให้จับอยู่กับเอนไซม์ Taq DNA polymerase ซึ่งในสภาวะอุณหภูมิที่ยังไม่ถึง 94 องศาเซลเซียสนั้น เอนไซม์ Taq DNA polymerase ที่ถูก monoclonal antibody จับอยู่จะไม่ทำงาน แต่เมื่อทำ PCR อุณหภูมิถึง 94 องศาเซลเซียส antibody จะถูกทำลายและแยกออกมาจากเอนไซม์ Taq DNA polymerase ทำให้ Taq DNA polymerase ทำงานสังเคราะห์ ดีเอ็นเอเส้นใหม่ได้ตามปกติ โอกาสในการเกิด miss primer และ non-specific product จะไม่มากเท่ากับการใช้ Taq DNA polymerase

อาจต้องทำการปรับหาสภาวะเหมาะสมเช่น ปรับแมกนีเซียมเพราะอาจมีความเข้มข้นของ primer น้อยเกินไป
ปรับความเข้มข้นของ primer ให้อยู่ในช่วง 0.1 uM ถึง 0.5 uM ปรับความเข้มข้นของ ดีเอ็นเอแม่แบบ ถ้าใส่ดีเอ็นเอแม่แบบที่มากเกินไปอาจทำให้มีปริมาณของสารที่ปนเปื้อนหรือตัว inhibitor ที่มากเพิ่มด้วย
ปรับ annealing temperature ให้ต่ำลงเพราะอาจสูงเกินไปทำให้ primer จับดีเอ็นเอแม่แบบได้ไม่ดี
ดีเอ็นเอที่สกัดมาเป็นดีเอ็นเอแม่แบบอาจมีการปนเปื้อน inhibitor เช่น DMSO, SDS ,formamide ซึ่งจะขัดขวางการทำงานของเอนไซม์ Taq DNA polymerase ต้องกำจัด inhibitor ก่อนการทำ PCR

- อาจเกิดจากการจับกันอย่างไม่จำเพาะ non-specific ของดีเอ็นเอแม่แบบ กับ primer ซึ่งอาจต้องทำการเพิ่มอุณหภูมิและเวลาช่วง annealing ให้สูงขึ้นในช่วงการทำ PCR รอบแรกๆ จากนั้นจึงลดอุณหภูมิลง หรือเปลี่ยนมาใช้ hot-start enzyme

- เกิด primer-dimer อาจแก้ไขโดยออกแบบ primer ให้ไม่สามารถเข้าคู่กับลำดับทางปลาย 3’ ของดีเอ็นเอต้นแบบ

- ปรับแมกนีเซียมให้ไม่สูงเกินไป

- อาจเกิดจากการปนเปื้อนดีเอ็นเออื่น ระหว่างการทำ PCR ซึ่งอาจเปลี่ยนมาใช้ aerosol-resistant tip หรือ UDG

- ดีเอ็นเอแม่แบบอาจเพิ่มปริมาณได้ยาก อาจเปลี่ยนเป้นเทคนิค PCR แบบ nested PCR หรือ touchdown PCR
บางครั้งมีการเติม UDG ลงไป ก่อนการทำ PCR นั้น เติม UDG ลงไปทำไมและทำงานอย่างไร ตอบ Uracil DNA glycosylase (UDG) เป็นเอนไซม์ที่ทำหน้าที่ดึงเบส uracil จาก สายดีเอ็นเอ โดยการตัด N-glycosidic bond ที่เชื่อมระหว่าง uracil กับ suga-phosphate backbone ทำให้สายดีเอ็นเอไม่มีเบส uracil เรียกสายดีเอ็นเอสายนั้นว่า apyrimidic DNA ซึ่งดีเอ็นเอที่เป็น apyrimidic DNA จะถูกทำลายเมื่อเพิ่มอุณหภูมิให้สูงขึ้นพร้อมกับสภาวะที่ pH เป็นด่าง (ประมาณ pH 8.3) ดังนั้นในการทำ PCR เมื่อเปลี่ยนระบบจากที่ใช้เบส dTTP มาเป็น dUTP จะทำให้ PCR product ที่เกิดขึ้นมีเบส uracil แทนที thymidine เรียกว่า dU-PCR product ถ้า dU-PCR product เหล่านี้ปนเปื้อนไปในการทำ PCR ครั้งต่อไป เอนไซม์ UDG จะสามารถทำลาย dU-PCR product ที่ปนเปื้อนได้ ซึ่งเป็นการกำจัดการปนเปื้อนก่อนการทำ PCR วิธีหนึง