E. coli สายพันธุ์ TOP 10, TOP10F’, DH10B ซึ่งในสายพันธุ์เหล่านั้นมี genotype เป็น araBAD- และ araEFG+

Prokaryotic mRNA จะประกอบด้วย shine-dalgano sequence หรือที่รู้จักกันดีคือ Ribosome binding site (RBS) ซึ่งประกอบด้วย Polypurine sequence คือ AGGAGG อยู่บริเวณ 5’ ของนิวคลิโอไทด์เริ่มต้น (AUG) ซึ่งบริเวณนี้จะจับกับ ribosome ซึ่งเป็นลำดับเบสที่เป็นคู่สมกับปลายด้าน 3’ ของ 16s rRNA ส่วนใน Eukaryotic (mammalian) mRNA มีลำดับเบสที่ทำให้เกิดการ translation ได้เช่นกันเรียกว่า Kozak sequence ซึ่งไม่ใช่ Ribosome binding site แต่เป็น translation initiation enhancer ซึ่งลำดับ consensus sequence ของบริเวณนี้คือ ACCAUGG (AUG เป็นลำดับเบสเริ่มต้น) แต่ Kozak sequence ในระบบยีสต์ และระบบ Drosophila จะมีความแตกต่างกันออกไป

สามารถเลี้ยงได้แต่ไม่นิยมเลี้ยงเพราะมีข้อจำกัดตรงที่ว่า E. coli สายพันธุ์นี้มียีน endA และ recA จึงทำให้ทำการเลี้ยงได้ยากและช้ากว่าสายพันธุ์อื่น ดังนั้นจึงไม่เหมาะสมกับการเลี้ยงเพื่อเก็บ recombinant clone นั้นไปใช้เรื่อยๆ ในสายพันธุ์ BL21 แต่เหมาะสมกับการเลี้ยงเพื่อทำการสังเคราะห์โปรตีน

ไม่สามารถใช้ได้ เพราะ Anti-HisG antibody สามารถ recognize กับ N-terminal polyhistidine (6XHis) tag ตามด้วย glycine (HHHHHHG) เท่านั้น โดยโปรตีนที่ผลิตได้จาก pDEST17 vector ไม่มี glycine ต่อจาก 6XHis tag ทำให้ Anti-HisG ไม่สามารถ recognize ได้

ต้องทำการตรวจสอบดูว่าลำดับเบสที่ทำการโคลนนั้นเข้าถูกตำแหน่ง (in frame) กับ C-terminal หรือ N-terminal epitope tag หรือไม่ หรืออาจทำการหาลำดับเบสของยีนที่โคลนเพื่อยืนยันว่าสามารถโคลนเข้าไปใน plasmid vector นั้นๆ ได้จริง หรือถ้ามีการสังเคราะห์โปรตีนออกมาน้อย อาจเนื่องมาจากความไม่สเถียรของ plasmid vector เมื่อใช้ amplicilin สำหรับทำการคัดเลือก อาจต้องเปลี่ยนมาใช้ cabenicillin (50ug/ml) แทน หรือโปรตีนที่ได้เป็นโปรตีนที่เป็นพิษ อาจเปลี่ยนไปใช้ e. coli สายพันธุ์อื่นที่สามารถสังเคราะห์โปรตีนที่เป็นพิษต่อเซลล์ได้

ระบบการสังเคราะห์โปรตีนโดยใช้เอนไซม์ T7 RNA polymerase (T7RNAP) และ T7 promoter ถูกค้นพบโดย Studier และคณะ ซึ่งเมื่อโคลนยีนที่สนใจใส่ลงไปใน plasmid vector ที่มี T7 promoter อยู่นั้นโปรตีนจะถูกสังเคราะห์ขึ้นมาโดยเอนไซม์ T7 RNA polymerase จะเข้าไปจับกับ T7 promoter ทำให้เกิดการถอดรหัสและแปลรหัสออกมาเป็นโปรตีนได้ ซึ่ง T7 RNA polymerase จะสร้างมาจาก E. coli host cell ซึ่งเป็นสายพันธุ์ที่มียีนที่สามารถสร้าง T7 RNA polymerase ได้ เช่น BL21(DE3) โดยยีนที่สร้าง T7 RNA polymerase ใน E. coli สายพันธุ์นี้จะถูกควบคุมการทำงานด้วย lacUV5 promoter และ promoter จะสร้าง T7 RNA polymerase เมื่อถูกกระตุ้นด้วย IPTG

ไม่ได้เพราะในสภาวะปกติที่ไม่ถูกกระตุ้นด้วย IPTG นั้น E. coli สายพันธุ์ BL21 (DE3) สามารถสังเคราะห์โปรตีนที่สนใจจาก recombinant clone ได้ ดังนั้นจะทำให้ถ้าต้องการสังเคราะห์โปรตีนที่เป็นพิษต่อเซลล์จะไม่สามารถใช้สายพันธุ์ BL21 (DE3) มาทำการสังเคราะห์โปรตีนนั้นๆ ได้ ซึ่งสายพันธุ์ที่ใช้สำหรับสังเคราะห์โปรตีนที่เป็นพิษต่อเซลล์ นิยมใช้สายพันธุ์ BL21(DE3) pLysE หรือ BL21(DE3) pLysS สายพัุนธุ์์เหล่านี้จะสร้างเอนไซม์ T7 lysozyme ออกมาย่อย T7 RNA polymerase ทำให้ในสภาวะที่ไม่ถูกกระตุ้นด้วย IPTG ก็ไม่มีการสังเคราะห์โปรตีนออกมา โปรตีนจะถูกสังเคราะห์ก็ต่อเมื่อมีการกระตุ้นด้วย IPTG