การหาลำดับเบสจากต้นแบบดีเอ็นเอแบบยาก Difficult DNA Template Sequencing

Difficult DNA Template sequencing เป็นการหาลำดับนิวคลีโอไทด์จากดีเอ็นเต้นแบบที่มีความซับซ้อน เช่น มี GC rich, AT rich หรือ repeated region ด้วยเทคนิค Capillary Electrophoresis Sequencing (CES) เพื่อให้ได้คุณภาพของผล sequencing ที่ชัดเจนและดีขึ้น ซึ่งตัวอย่างที่สามารถใช้บริการดังกล่าวได้  ได้แก่ PCR products และ plasmid DNA ที่มีสมบัติดังนี้

• DNA ที่มีโครงสร้างทุติยภูมิผิดปกติ (Unusual secondary structure)
• DNA ที่มีองค์ประกอบของเบส guanine สูง (G-rich)
• DNA มีลีกษณะเป็น Homopolymeric tracts(PolyG)
• มีตำแหน่งการซ้ำของ GT (GT-Repetitive regions)

โดยปกติแล้วตัวอย่างในข้างต้นจะพบปัญหาในการทำ Standard sequencing เนื่องจากจะพบ chromatogram ที่มีสัญญาณในการอ่านต่ำ และอ่าน DNA ได้สั้นกว่างปกติ เนื่องจากมีการซ้ำของลำดับเบสสูงทำให้ยากต่อการทำ sequencing ในขณะการทำ Difficult DNA template sequencing นั้น สามารถทำการ optimize condition ให้เหมาะสมกับตัวอย่าง ซึ่งจะทำให้ chromatogram ที่ออกมาสามารถแปลผลได้อย่างชัดเจน การอ่านลำดับเบสที่ได้มีความยาวตามมาตรฐาน

รูปที่ 1 ตัวอย่างผลการทำ Standard sequencing เปรียบเทียบกับ Difficult sequencing

ส่งตัวอย่าง DNA ได้ทั้งแบบหลอดเดี่ยวและ 96 well plate

Single Tube Sequencing

• สามารถแจ้ง re-sequencing ฟรี 1 ครั้ง

96well Plate Sequencing

• สามารถใช้ primer ได้สูงสุด 6 คู่ใน 1 plate
• ราคาถูกกว่าการส่งเป็นหลอด

Additional Service

• มีบริการ PCR product purification ทั้งการส่งแบบ tube และแบบ plate
• มีบริการ Gel extraction กรณีส่งในรูปแบบ tube

สนใจสอบถามข้อมูลเพิ่มเติมได้ที่
ฝ่ายขายงาน Life Science product โทร 022748331 หรือ ordersequencing@gibthai.com