GeneArt Genomic Cleavage Detection Kit เป็นชุดตรวจสอบการเกิด Insertion และ Deletion (Indel) บน genomic DNA ของ cell line ในเชิงปริมาณด้วยเอนไซม์ T7 endonuclease I ได้อย่างรวดเร็วที่สุดหลังจากมีการ validate การทำงานของ CRISPR-Cas9 gRNA หรือ TAL effector nuclease ในการวิจัยด้าน cell engineering

รูปที่ 1 GeneArt Genomic Cleavage Detection workflow

             โดยหลักการการทำงานของ GeneArt Genomic Cleavage Detection Kit จะยึดหลักการพื้นฐาน 3 อย่างคือ เป็นวิธีที่ง่าย, เชื่อถือได้ และรวดเร็ว ในการตรวจสอบตำแหน่งที่เกิดการตัดอย่างจำเพาะเจาะจง ของgDNA จาก cell ที่ผ่านการ transfection ด้วย constructs expressing engineered nucleases ได้แก่ Transcription activator-like effector nuclease (TALEN), Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats (CRISPR)/Cas9 หรือ Zinc-finger nuclease (ZFN) หลังจากเกิดกระบวการตัดบน gDNA ไม่ว่าจะเป็น insertions หรือ deletions (indels) ที่เกิดขึ้นจากกระบวนการซ่อมแซมตัวเองของเซลล์ (cellular repair mechanisms) จากนั้นนำมาเพิ่มจำนวนด้วยการทำ PCR เมื่อได้ PCR product มาแล้วจะทำการ denature เพื่อแยกสาย double-strand DNA ออกจากกัน แล้วตามด้วยการทำ reanneal ซึ่งจะทำให้เกิดการเข้าคู่กันใหม่ ของ single-strand DNA ที่เกิด indel และไม่เกิด indel แบบ mismatches ทำให้สามารถตรวจสอบ efficiency การเกิด cleavage ได้จากการตัดของ T7 endonuclease I (T7EI) แล้ววิเคราะห์ผลจากความหนา และรูปแบบของ DNA band ด้วยการทำ gel electrophoresis

รูปที่ 2 การตรวจสอบและวิเคราะห์ผลด้วยการทำ gel electrophoresis

            ซึ่งจะเห็นได้ว่าการใช้ T7 endonuclease I (T7EI) เป็นวิธีการพื้นฐาน เนื่องจากมีความรวดเร็ว และสามารถตรวจวัด efficiency จากการเกิด non-homologous end joining (NHEJ) ทำให้สามารถมั่นใจได้ว่าเกิด genome editing บนตำแหน่งเป้าหมายได้อย่างถูกต้อง

จุดเด่นของ GeneArt™ Genomic Cleavage Detection Kit ประกอบด้วย

• Minimal hands-on time — สามารถทำ PCR amplify จาก cell lysate โดยไม่จำเป็นต้องทำ DNA purification

• Short protocol — ใช้เวลาเพียง 4 ชั่วโมงในการทำ cell harvest จนได้ผลในการตรวจสอบในเชิงปริมาณ

• Quantify editing efficiency directly from your gel — สามารถตรวจสอบ efficiency ได้จากการทำ gel electrophoresis, ความหนา และรูปแบบของ DNA band ที่สัมพันธ์กับตำแหน่งเป้าหมาย

• Just add PCR primers — ใน kit ประกอบด้วย reagent ที่มีความจำเป็นในการทำ PCR ดังนั้นผู้วิจัยจึงไม่จำเป็นจะต้องซื้อ PCR master mixes และ DNA extraction kits เพิ่มเติม นอกจาก primer ที่จำเพาะต่อตำแหน่งที่ต้องการในการทำ PCR

ผลิตภัณฑ์ที่เกี่ยวข้องกับกระบวนการ CRISPR detection

ข้อมูลเพิ่มเติม: https://www.thermofisher.com/order/catalog/product/A24372?SID=srch-hj-A24372#/A24372?SID=srch-hj-A24372

หรือติดต่อแผนก Technical support e-mail: TAS@3nholding.com หรือฝ่ายผลิตภัณฑ์เครื่องมือ Life Science product โทร 022748331

กรณีต้องการสั่งซื้อ Primer สามารถดูข้อมูลเพิ่มเติม และติดต่อ: https://www.thermofisher.com/th/en/home/life-science/oligonucleotides-primers-probes-genes/custom-dna-oligos.html

บทความโดย: ชุตินธร ช่วยวงศ์

ตำแหน่ง:Senior Technical Application Specialist for NGS and GeneArt Products