การประยุกต์ใช้ dPCR ในการศึกษาเชื้อไวรัส SARS-CoV-2 ในแหล่งน้ำเสีย

          การเฝ้าระวังการระบาดของโรคโควิด-19 ในน้ำเสียโดยใช้หลักการตรวจวิเคราะห์สารพันธุกรรมชนิดอาร์เอ็นเอของเชื้อไวรัส SARS-CoV-2 ที่ปนเปื้อนในน้ำเสีย มุ่งเน้นการตรวจวัดสารพันธุกรรมของไวรัส SARS-CoV-2 ที่ปนเปื้อนจากการขับถ่ายของเสียจากผู้ติดเชื้อทั้งที่แสดงอาการและไม่แสดงอาการ ปัจจุบันยังไม่มีรายงานการตรวจพบผู้ป่วยที่ติดเชื้อไวรัส SARS-CoV-2 จากแหล่งน้ำเสีย แต่การเฝ้าระวังเชื้อไวรัส SARS-CoV-2 ที่ปนเปื้อนในแหล่งน้ำเสียจะเป็นประโยชน์เพื่อเตือนการแพร่ระบาดในวงกว้าง

          เทคนิค Digital PCR (dPCR) เป็นวิธีที่มีประสิทธิภาพในการตรวจหาปริมาณสารพันธุกรรม โดยสามารถระบุค่าปริมาณไวรัสในแต่ละตัวอย่างเป็นจำนวน copy ได้โดยไม่ต้องทำกราฟมาตรฐาน (Standard curve) มีความแม่นยำ สามารถตรวจหายีนที่สนใจได้หลายเป้าหมายในหนึ่งครั้ง ซึ่งมีการนำไปใช้ตรวจหา Rear mutation, Copy number variation (CNV), Gene expression, Gene-editing analysis เป็นต้น โดยตัวเครื่องมีการแบ่ง ปฏิกิริยาออกเป็นช่องขนาดเล็ก (Microreactions) ทำให้สามารถเพิ่มปริมาณสารพันธุกรรม และถ่ายภาพวิเคราะห์ผล ภายในเครื่องเดียว ขั้นตอนในการทำค่อนข้างง่ายและสะดวกต่อผู้ใช้งาน ซึ่งทาง Applied Biosystems ได้มีการพัฒนาน้ำยาสำหรับตรวจวิเคราะห์ SARS-CoV-2 ในแหล่งน้ำเสีย ภายใต้ชื่อ Absolute Q™ dPCR SARS-CoV-2 Wastewater Surveillance Kit ซึ่งเป็นชุดน้ำยาที่ออกแบบมาให้ใช้งานได้ง่าย รวดเร็ว มีความไวสูง สามารถหาปริมาณ (Absolute quantitation) สารพันธุกรรมของเชื้อไวรัส SARS-CoV-2 ที่ปนเปื้อนในน้ำเสียด้วยเทคนิค dPCR ได้ โดยใช้งานร่วมกับเครื่อง QuantStudio Absolute Q Digital PCR System

เครื่อง QuantStudio™ Absolute Q™ Digital PCR System (Catalog number: A52864)
ที่มา: https://www.thermofisher.com/order/catalog/product/A52864?SID=srch-srp-A52864

          ชุดทดสอบ Absolute Q™ dPCR SARS-CoV-2 Wastewater Surveillance Kit เป็นการทดสอบแบบ High-resolution multiplex assay (ติดฉลากสี FAM, VIC, ABY) สามารถตรวจสอบ SARS-CoV-2 N gene ได้สองตำแหน่ง เนื่องจากยีน N มีความเสถียรและมีโอกาสการเกิดการกลายพันธุ์ต่ำ และตรวจสอบ Pepper Mild Mottle Virus (PMMoV) ซึ่งเป็นยีนที่มีการแสดงออกในอุจจาระของมนุษย์ ซึ่งชุดทดสอบนี้ได้รับการออกแบบให้ตรวจสอบได้อย่างจำเพาะ และเป็นไปตามมาตรฐานการแนะนำของ CDC

Absolute Q™ dPCR SARS-CoV-2 Wastewater Surveillance Kit (Catalog number: A55241)
ที่มา:  https://www.thermofisher.com/order/catalog/product/A55241?SID=srch-hj-A55241

คุณสมบัติเฉพาะของน้ำยาทดสอบ

• ใช้งานง่าย: ขั้นตอนการเตรียมง่ายและสะดวก ช่วยลดขั้นตอนการใช้ปิเปต
• ทำงานได้อย่างรวดเร็ว: ศึกษา Absolute quantification ของยีนที่สนใจได้อย่างรวดเร็ว ในระยะเวลาน้อยกว่า 2 ชั่วโมง
• ผลการทดสอบสม่ำเสมอ: ใช้เทคโนโลยี microfluidic array plate (MAP) และ TaqMan chemistry ให้ผลการทดสอบที่น่าเชื่อถือและสม่ำเสมอ

ศึกษาข้อมูลเพิ่มเติม:https://www.thermofisher.com/th/en/home/life-science/pcr/digital-pcr/wastewater-surveillance.html
หรือติดต่อแผนก Technical support e-mail: TAS@3nholding.com หรือฝ่ายงาน Life Science product โทร 02-274-8331

บทความโดย: สุมิตรา สุขพิทักษ์
ตำแหน่ง: Technical Application Specialist