RNA Analysis using Flow Cytometry

       RNA หรือ Ribonucleic Acid เป็นสารพันธุกรรมที่เป็นองค์ประกอบของสิ่งมีชีวิต งานวิจัยโดยทั่วไปจะมีการตรวจวัด RNA เพื่อนำไปสู่การศึกษาถึงการแสดงออกของยีนและโปรตีนต่างๆ โดยปกติจะสามารถศึกษาได้โดยการทำการสกัด RNA จากเซลล์ของสิ่งมีชีวิตที่สนใจหรือเซลล์ที่ทำการเพาะเลี้ยง จากนั้นนำมาศึกษาการแสดงออกของ RNA (RNA expression) ด้วยวิธี quantitative PCR (qPCR) ซึ่งเป็นขั้นตอนวิธีการวิจัยที่นิยมใช้ในการทำ RNA analysis

         ในปัจจุบันการตรวจวัดสามารถทำได้หลากหลายมากขึ้น หนึ่งในวิธีดังกล่าวคือ การตรวจวัด RNA โดยเทคนิค Flow Cytometer ที่เรียกว่า PrimeFlow RNA assay

      Invitrogen™ PrimeFlow™ RNA assay เป็นเทคนิคที่ใช้หลักการ fluorescence in situ hybridization (FISH) รวมกับการตรวจวัดสัญญาณของ branched-DNA (bDNA) ซึ่งสามารถตรวจสอบได้ถึง RNA เป้าหมาย โดยเทคนิคดังกล่าวสามารถประยุกต์ใช้กับการตรวจวัด cell-surface และ intracellular protein โดยการใช้ fluorophore-conjugated antibodies และตรวจวัดด้วยเครื่อง Flow Cytometer ซึ่งเทคนิคนี้สามารถตรวจวัดได้ตั้งแต่ messenger RNA (mRNA), long noncoding RNA (lncRNA) และ microRNA (miRNA)

        bDNA signal amplification คือ ขั้นตอนการ hybridization ด้วยขั้นตอนการ pre-amplifiers, amplifiers และ fluorophore-conjugated label probes ดังรูปที่ 1 ซึ่งสามารถขยายสัญญาณได้ในลักษณะที่เป็น “tree” หรือต้นไม้สามารถตรวจวัดได้สูงสุดถึง 400 binding sites และเมื่อมีการจับกันแบบจำเพาะระหว่าง oligonucleotides และ probe set ที่ความจำเพาะต่อ RNA transcript 8,000 ถึง 16,000 เท่า

รูปที่ 1 แสดงการขยายสัญญาณของ oligonucleotides โดย sequential hybridization

A) แสดง gene-specific probe sets ที่ถูก hybridization กับ target RNA transcripts
B) แสดงขั้นตอนการ preamplifier หรือ trunk เมื่อมีการจับกับ probe set
C) แสดงขั้นตอนการ amplifier หรือ branches เมื่อมีการรจับกับหลายตำแหน่งของ preamplifier และมีลักษณะเหมือนกิ่งก้านที่งอกออกมาจากลำต้น
D) แสดงขั้นตอน fluorophore-conjugated label probes หรือ leaves เมื่อมีการจับกับหลายตำแหน่งของ amplifier และมีลักษณะเหมือนใบของต้นไม้

Workflow สำหรับการทำ PrimeFlow RNA assay

ข้อมูลเพิ่มเติม
https://www.thermofisher.com/order/catalog/product/88-18005-210?SID=srch-srp-88-18005-210
หรือติดต่อแผนก Technical support email: TAS@3nholding.com หรือฝ่ายงาน Life Science product โทร 022748331