การระบุเชื้อจุลชีพหรือไวรัสด้วยเครื่อง SeqStudio™ Series Genetic Analyzers

  การระบุจุลชีพหรือไวรัสเป็นกระบวนการสำคัญในด้านวิทยาศาสตร์การแพทย์ สาธารณสุข และอุตสาหกรรมอาหารและยา โดยเทคโนโลยีการตรวจวิเคราะห์สารพันธุกรรมมีบทบาทสำคัญในการตรวจวิเคราะห์ทางคลินิกและงานวิจัย ให้ผลลัพธ์ที่แม่นยำและรวดเร็ว โดยในปัจจุบันการระบุเชื้อจุลชีพหรือไวรัสมีการนำเอาหลากหลายเทคนิคมาช่วยในการวิเคราะห์ ซึ่งหนึ่งในนั้นคือเทคนิค Sanger Sequenecing โดยใช้เครื่อง SeqStudio Series Genetic Analyzers ซึ่งเป็นเครื่องมือที่ใช้เทคโนโลยี Capillary Electrophoresis (CE) ที่ช่วยให้สามารถแยกชิ้นส่วนของ DNA หรือ RNA ตามขนาดและตรวจวิเคราะห์ลำดับเบสได้อย่างแม่นยำ โดยมีขั้นตอนดังนี้

 1.  Sample preparation: เตรียมตัวอย่างโดยการสกัด DNA หรือ RNA จากตัวอย่างจุลชีพหรือไวรัส
 2.  PCR Amplification: เพิ่มปริมาณสารพันธุกรรมที่สนใจ
 3.  Capillary Electrophoresis: แยกชิ้นส่วน DNA ตามขนาดและตรวจจับสัญญาณฟลูออเรสเซนต์บนเครื่อง SeqStudio™ Series Genetic Analyzers
 4.  Data analysis: เปรียบเทียบลำดับเบสที่ได้กับฐานข้อมูลเพื่อระบุชนิดของเชื้อ

    SeqStudio™ Series Genetic Analyzers สามารถใช้กับตัวอย่างได้หลากหลาย เช่น ตัวอย่างทางคลินิก (เลือด น้ำลาย ปัสสาวะ และตัวอย่างจากทางเดินหายใจ), ตัวอย่างจากสิ่งแวดล้อม (น้ำ ดิน และอากาศ) และตัวอย่างอาหารและเครื่องดื่ม (อาหารสด อาหารแปรรูป และผลิตภัณฑ์จากนม) เป็นต้น ซึ่งข้อดีของการใช้เทคนิค Sequencing ในการระบุเชื้อมีดังนี้

• ความแม่นยำสูง: สามารถตรวจสอบลำดับเบสของเชื้อได้โดยตรง ทำให้สามารถจำแนกสายพันธุ์ได้อย่างแม่นยำ
• ตรวจหาเชื้อชนิดใหม่: การทำ Sequencing สามารถระบุเชื้อที่ไม่เคยรู้จักมาก่อนได้จากการอ่านลำดับเบส
• การวิเคราะห์ข้อมูลทางพันธุกรรม: นอกจากการระบุชนิดของเชื้อแล้ว ยังสามารถตรวจสอบความแปรผันทางพันธุกรรม การดื้อยา และการกลายพันธุ์ได้
• ลด cross-reactivity: เทคนิค sequencing มีโอกาสเกิด cross-reactivity ต่ำกว่าการใช้ probe-based methods (qPCR)

ภาพที่ 1 SeqStudio™ Series Genetic Analyzers

    SeqStudio™ Series Genetic Analyzers เป็นเครื่องวิเคราะห์พันธุกรรมที่ออกแบบมาเพื่อตอบโจทย์งานวิเคราะห์ทางพันธุกรรมที่ต้องการความแม่นยำ ใช้งานง่าย พร้อมระบบอัตโนมัติที่ช่วยลดขั้นตอนการทำงานในห้องปฏิบัติการ ซึ่งมี 2 รุ่นหลักเพื่อให้ผู้ใช้งานสามารถเลือกใช้ตามความเหมาะสม สะดวกต่อการทำงานด้านการระบุเชื้อจุลชีพ, การตรวจวินิจฉัยทางพันธุกรรม

1. SeqStudio™ Genetic Analyzer

• เครื่องขนาดกะทัดรัด 4 capillaries เหมาะสำหรับงานวิจัยขนาดเล็กถึงกลาง
• ใช้งานง่าย “load-and-go” ใส่ตัวอย่างแล้วกดรันได้เลย
• รองรับทั้ง Sanger sequencing และ fragment analysis
• ซอฟต์แวร์ใช้งานง่าย วิเคราะห์ผลได้อัตโนมัติ

2. SeqStudio™ Flex Genetic Analyzer

• มีให้เลือกทั้งแบบ 8 capillaries และ 24 capillaries รองรับตัวอย่างมากขึ้น
• เหมาะสำหรับห้องปฏิบัติการที่ต้องการความเร็วและปริมาณตัวอย่างสูง
• มี onboard connectivity รองรับการควบคุมและวิเคราะห์ผล
• ระบบ continuous plate loading รันตัวอย่างต่อเนื่องได้โดยไม่ต้องหยุดเครื่อง

ข้อมูลเพิ่มเติม : https://www.thermofisher.com/th/en/home/life-science/sequencing/sanger-sequencing/sanger-sequencing-technology-accessories.html#menu2

บทความโดย: สุมิตรา สุขพิทักษ์
ตำแหน่ง: Technical Application Specialist