Q:โครงสร้างของ siRNA มีกี่แบบ อะไรบ้าง

A: โครงสร้าง siRNA มี 2 แบบหลัก ได้แก่

         - Stealth siRNA: ประกอบด้วย 25bp duplex ที่ไม่มี overhangs

         - Silencer siRNA: ประกอบด้วย 19bp duplex ที่มี 2 nucleotide overhangs

Q: siRNA ของ ThermoFisher มีกี่ประเภทอะไรบ้าง และแตกต่างกันอย่างไร

A: siRNA ของ ThermoFisher มี 2 ประเภท คือ Pre-designed และ Custom design

         - Pre-designed siRNAs มีการออกแบบมาสำหรับ human, mouse หรือ rat โดยเฉพาะ สินค้าเป็นแบบ on shelf และมี guarantee

         - Custom design เป็นการสังเคราะห์ลำดับ siRNA ตามที่ลูกค้าออกแบบ หรือมีลำดับ siRNA ที่ต้องการ และไม่มี guarantee

Q: Pre-designed siRNA มีกี่รูปแบบอะไรบ้าง

A: Pre-designed siRNA มี 3 รูปแบบ คือ Silencer Select siRNA, Stealth RNAi siRNA และ Silencer siRNA ซึ่งจะมีโครงสร้างและ guarantee ที่แตกต่างกันดังตาราง

Q: หากสนใจ Pre-designed siRNA เราควรต้องมีข้อข้อมูลอะไรในการค้นหา siRNA ที่ต้องการ

A: - สนใจ siRNA รูปแบบใด (Silencer Select siRNA, Stealth RNAi siRNA และ Silencer siRNA)

     - Organism target: Human, Mouse หรือ Rat

     - siRNA ID, Gene Symbol, Gene ID หรือ Accession#

Q: กรณีที่ไม่ทราบข้อมูล siRNA ID, Gene Symbol, Gene ID หรือ Accession# แต่มีเพียงลำดับ siRNA ที่ต้องการสามารถสังเคราะห์ได้หรือไม่

A: สามารถสั่งสังเคราะห์ได้ด้วย Custom siRNA ordering tool ที่สามารถเลือก scale ได้ตั้งแต่ 20 nmole, 80 nmole, 1 umole และ 1.7 umole โดยสามารถเลือกการ modified 5’ terminal ได้ด้วย Biotin, Fluorescein หรือ Phosphate

Q: การเลือก siRNA Positive/Negative control ควรมีหลักการเลือกอย่างไร

A: การเลือกใช้ Positive/Negative controls ใน RNAi experiment ควรเลือก control ให้ตรงกับ siRNA type เช่น

• การทดลองใช้ Silencer Select siRNA ควรเลือก Silencer™ Select Negative Control siRNA และ Silencer™ Select GAPDH Positive Control siRNA
• การทดลองใช้ Stealth RNAi siRNA ควรเลือก Stealth RNAi™ siRNA Negative Control และ Stealth RNAi™ siRNA GAPDH Positive Control
• การทดลองใช้ Silencer siRNA ควรเลือก Silencer™ Negative Control siRNA และ Silencer™ GAPDH siRNA เป็นต้น

Q: ในขั้นตอนการ transfection siRNA สามารถทำได้ด้วยวิธีใดได้บ้าง

A: การ transfection สามารถทำได้ 2 วิธี คือ

• Physical method ด้วยการใช้ Neon transfection system
• Chemical methods ด้วยการใช้ Lipofectamine RNAiMAX transfection reagent

Q: siRNA เริ่มต้นในการ transfection ควรใช้ Final siRNA per well จำนวนเท่าไหร่

A: ขึ้นอยู่กับขนาด well plate ดังนี้

Q: หลังจาก transfection จะสามารถทราบ efficiency ในการ transfect ได้อย่างไร

A: สามารถใช้ plasmid ที่มี Fluorescent gene inserted หรือ Fluorescent transfection controls เช่น FAM หรือ Cy3 เป็นต้น

Q: ในการทำ Knock-down detection สามารถทำด้วยเทคนิคใดได้บ้าง

A: กรณี RNA detection สามารถทำ Real-time PCR เพื่อเปรียบเทียบการแสดงออกของ gene target เทียบกับ Positive control ซึ่งเป็น House keeping gene ส่วนในกรณีของ Protein detection สามารถใช้ Western blot ได้ ขึ้นอยู่กับวัตถุประสงค์ของงานวิจัย

ข้อมูลเพิ่มเติม: https://www.thermofisher.com/th/en/home/life-science/rnai/synthetic-rnai-analysis.html

หรือติดต่อแผนก Technical support e-mail: TAS@3nholding.com

หรือฝ่ายงาน Life Science product โทร 022748331

รวบรวมคำถามโดย: ชุตินธร ช่วยวงศ์

ตำแหน่ง: Senior Technical Application Specialist for NGS and GeneArt Products